南沙体育馆坐落于珠三角核心区域，临近南沙自贸区明珠湾片区，地处蕉门水道下游入江口处；北距南沙区人民政府约2.5千米，南距南沙明珠湾开发展览中心约1.2千米；途经该场馆的主要线路为广州—澳门高速公路（国家高速G0425）、凤凰大道、凤亭大道，途经该场所附近的地铁线路为广州地铁4号线蕉门地铁站。